특히, 눈에 들어오는 것은 별도로 제시되고 있는 수리탐구반, 영어독해반, 논술반 등과 같은 교과관련 특기, 적성 교육의 허용이다. 2001학년도 이후 '전 학생 보충수업 전면금지'라는 단호한 조치 사항과 함께 제시된 교과관련 특기적성교육은 고 3 학생의 경우 주당 10시간 이내, 고 2 학생 이하의 경우 주당 5시간 이내 운영을 원칙으로 하고 있다.
또 부교재 일괄구입 후 문제 풀이식 진행 금지, 교과서를 활용한 예·복습 등 보충수업 형태의 운영 금지 등 과거 보충수업으로의 전락을 막기 위한 자구책을 제시하면서 수시로 점검하겠다는 내용을 담고 있다.
교육부의 단호한 태도에도 불구하고 교과관련 특기적성교육이 호기롭게 폐지를 주장했던 보충수업의 또 다른 형태로 전락할 것은 불 보듯 뻔하다는 우려를 낳고 있고 실제로 일선 학교에서 우려가 현실로 드러나고 있다는 지적이다.
결국 교육부가 보충수업을 할 수밖에 없는 현실을 인정하면서 정책의 일관성과 책임회피 등의 이유로 그럴 듯한 `교과관련 특기적성교육 허용'을 내 세우고 이후 비난이 쏟아지면 원칙을 지키지 않은 학교에 모든 책임을 돌리려 하는 무책임한 정책이라는 주장도 제기되고 있다.
이에 따라 전국교직원노동조합(이하 전교조)도 반대 입장을 명확히 밝히면서 각 단위 학교에서 이를 근절시키기 위한 나름대로의 방침을 수립해 놓은 상태다.
그러나 전교조 게시판에는 조합원이라 밝힌 한 교사의 "보충 수업이나 학원에서 과외 받은 학생이 손해 보는 입시제도를 만들 때에만 (근절이)가능한 것" 등의 글이 게시돼 전교조의 근절 방침이 입시 위주의 교육이 이루어지고 있는 현장에서는 한계를 갖고 있음을 지적하고 있다.
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